§16. Настройка Linux для более быстрого запуска параллельных приложений

Для использования компьютеров, предназначенных для выполнения параллельных приложений, необходимо прописать их имена в конфигурационном файле /mpich/util/machines/machines.linux

unesco1

unesco2

unesco3

unesco4

unesco5

unesco6

unesco7

unesco8

Проверку доступности машин кластера для запуска параллельных приложений можно выполнить с помощью утилиты

/mpich/bin/tstmachines

Для быстрого доступа к утилитам компиляции mpif77, mpicc и утилите запуска параллельного приложения mpirun надо добавить в файл .bashrc в своем домашнем каталоге строку

export PATH=/home/stud/mpich/bin:$PATH

Для доступа к man-страницам

export MANPATH=/home/stud/mpich/man:$MANPATH

Прежде, чем запускать параллельное приложение на кластере,  необходимо копирование исполняемого кода на все узлы кластера. Наиболее простой способ избежать необходимости копирования приложения – использовать возможности операционной системы (NFS – network file system).

На host-машине (на которой установлен mpich и с которой запускаются параллельные приложения) необходимо разделить рабочий каталог, содержащий подкаталоги с параллельными приложениями. Для этого в файле /etc/exports прописывается следующая строка:

/home/stud/work (rw),

обозначающая, что каталог /work пользователя stud будет разделен для использования в сети на чтение-запись.

На узлахкластера для использования каталога с host-машины (в нашем примере – unesco1) надо поправить файл /etc/fstab:

unesco1:/home/stud/work /home/stud/work nfs defaults 1 2.

Таким образом, на всех узлах кластера будет идентичный каталог /work пользователя stud с идентичным содержанием.